在留期間更新許可申請中にご出国中で、そろそろ元々の在留期間の満了時期を迎えてしまうとのことでしたね。

在留期間を経過していても、審査中であれば再入国は可能です。審査の結果が出るまで、あるいは在留期間満了後2ヶ月以内は再入国できます。

不足書類があるようであれば、入国管理局から封書でその旨の通知が届きます。もしそのような通知が届きましたら、すぐに指摘のあった不足書類について準備をし、入国管理局宛に提出します。

また、「この書類も出しておいたほうが良かったかもしれない」と思い当たる書類があるようでしたら、ぜひ追加書類として入国管理局宛にご提出なさることをお勧めいたします。申請されているご本人の旅券には、申請受理番号が記載されています。この番号を明記の上、追加書類を提出すると良いでしょう。

一方、再提出・再申請についてですが、もし現在、審査中の申請内容が不許可となった場合であると、入国管理局へ出向き、出国準備のための在留資格（ビザ）「特定活動」が付与されます。出向いた際、不許可であった理由について十分な説明を受け、その理由について十分に補完する資料が提出できる場合には、入国管理局の職員に再申請の可否について相談なさることをお勧めいたします。